Будівництво церкви у с. Зелене розпочато у 1920 році. Земельну ділянку під побудову храму поофірував мешканець с. Зелена Федір Бараниж. Освячення церкви у 1925 році здійснили парохи о. Іскович та о. Степан Кахетинський з Мельниці-Подільської.

Парафія і церква до 1946 року належали до УГКЦ, у 1946—1961 роках — до РПЦ.

Церква — мурована, збудована за кошти громади. У 1961—1989 роках церква не діяла, її закрила державна влада. У 1989 році храм відкрили у приналежності до РПЦ. У 1990 році парафія і храм повернулися в лоно УГКЦ.

При парафії діють: спільнота «Матері в молитві», братство «Апостольство молитви».

Парохи:

• о. Володимир Михайлюк (1989—2013 рр.),
• о. Ярослав Антонійчук, сотрудник (з 2002), адміністратор (з 2014).