Тільки шематизм 1903 року подає, що дерев'яна церква у Водниках збудована 1727 року, а починаючи з шематизму 1909 року дану церкву датують 1729 роком.
 
" На одвірку західних дверей різьблений напис: "Року Бо(жого) 1729 місяця травня 24". "

Перші документальні згадки про церкву походять з 1600 року.

Існуюча зведена 24 травня 1729 року. За переказами, церква перевезена до села з іншого місця.

На початку ХХ ст. до вівтаря прибудували муровану захристію. До другої світової війни церква ще була покрита гонтами.

Розміри церкви 15,8 м. х 5,6 м. З заходу від неї розташована дерев’яна триярусна дзвіниця, що потребує реставрації.

У травні 2013 року освятили мурований храм Перенесення мощей Св. Миколая.