Із XIV століття село Чишки було подароване львівським францисканцям. Перший храм почали зводити 11 листопада 1420 року. Він був дерев’яний. Та за 6 століть святиню стільки разів руйнували й перебудовували, що важко встежити за усіма цими випадками. Спершу костел мав титул Усіх святих, потому був посвячений новому патронові – св. Леонардові. Після татарського набігу і руйнації 1492 року костел відбудували вже у камені. Святиню теж неодноразово нищили (1575, 1589, 1648 роки), але потім завжди зводили наново. В 1546 р. при храмі почало діяти братство. Із 1594 р. парафія належала францисканцям, що підтверджено й буллою папи Климента VIII за 1602 р. Прибутки костелу йшли на отримування студентів та новіціяту францисканського ордену. На користь костелу поміщики з навколишніх сіл жалували десятини.

З пам’яток відомо, що біля споруди була також дзвіниця з трьома дзвонами. Із візитації 1755 р. відомо, що в храмі було 8 позолочених вівтарів, хори і орган.

В 1802 р. ксьондз отримав нову муровану плебанію з 6 кімнат. Оцінена вона була в 2 000 зл. (костел з усім його майном – у 6 000 зл.). Костельний двір містив також шпихлір, стайні, два сараї та місце під сіно. В плебанії жив не лише священик, а й вікарії (їм належало 2 кімнати).

1 травня 1823 р. храм з візитацією відвідав львівський архієпископ Алойзій Анкевич. А за кілька днів по візитації в костел вдарила блискавка. Було пошкоджено образи св. Михайла і Валентина, вибито 6 вікон. Вночі 20 грудня 1825 р. горіла плебанія.

В 1857 р. храм було помальовано Михайлом Лозінським, а у 1859 р. великий вівтар було позолочено львівським майстром Яном Лагоцьким, який отримав за це 460 злотих. В 1860 р. за 200 зл. відреставрували орган.

Перебудова 1894 р. мала місце тому, що храм вже не вміщав всіх парафіян. В 1897 р. костел було вкрито новим дахом. З 1898 р. служби тут постійно відправляли аж два ксьондзи.

В 1901 р. було розширено прикостельний цвинтар та обсаджено його привезеними з Брюхович ялинами. В 1903 р. храм знову розписують: на цей раз це зробив Табінський, отримавши за роботу 1 750 злотих.

11 жовтня 1908 р. відбулося урочисте посвячення костельних дзвонів: найбільший з них важив 550 кг («Марія»), середній – 294 кг («Юзеф», Йосип), а найменший – 169 кг. («Іван Євангеліст»). В 1912 р. куплено новий орган за 1 700 крон, а наступного року було встановлено новий великий вівтар за 8000 крон.

В часи Першої світової костел не постраждав, хоча 21 червня 1916 р. військова комісія й забрала для потреб війська 2 найбільші дзвони. В 1917 р. Чишки отримали за ліквідовані дзвони відповідно 3 348 та 1 108 крон.

Восени 1926 р. костел було пограбовано: злодії забрали золоті та срібні речі на кілька тисяч злотих.

Василь Лаба в книжечці «Штрихи до історії села Чишки» наводить дані Михайла Керницького (США) про те, що начебто в 1950-60-х роках, після пожежі у закритому храмі, на стінах проявилися написи українською мовою і малюнки.

Зараз храм належить вірним УГКЦ. За кошти громади відремонтовано і реставровано фасад церкви та дзвіниці, фахівці відновили давні барельєфи та фігуру Божої Матері.