У 1933 р. німецька громада розпочала будову своєї церкви й завершила у 1936 р. Головними натхненниками були винниківські німці Міллер Польді, Бреді Кароль, Гартман, Кремпель, Шлегель, Шрайєр, Штайн, Вольфи, Шнайдери, Манци та інші. У 1939-1940 рр. відбулася репатріація винниківських німців до Рейху (храм було закрито).

Від 1944 р. споруда використовувалася як склад зерна, а пізніше з 1950 р. як господарський магазин, який люди називали «залізний магазин». У часи незалежності «залізний магазин» викупило підприємство «Матвол», яке також використовувало її як крамницю.

Реставрація церкви відбувалася протягом 1996-1997 рр. під керівництвом о. Петра Паньківа. Роботи розпочалися 16 жовтня 1996 р. Багато винниківчан працювало на будові, здавали кошти на ремонтно-реставраційні роботи. На власні заощадження церковний дзвін придбав Орест Білінський.

Будівельними роботами керували тодішні депутати міськради Петро Кондришин і Богдан Гарапа, які доклали значних зусиль, щоб робота йшла швидко, якісно і добросовісно. Значну допомогу надав командир військової частини п. Маллер. Вагомий вклад у відновлення храму внесли військослужбовці будівельного батальйону, який в цей період знаходився у Винниках (командир – підполковник Олександр Самсоненко, заступник – Сергій Конечний).

Проект інтер’єру храму розробив Степан Кострика, усі малярні роботи виконали Михайло Задорожний та Ігор Сенів. Оздобили інтер’єр храму художники Михайло Костів та Степан Гриньків. Усі фасадні роботи виконали майстри-штукатури: Ярослав Гап’яка, Михайло Сорока, Ігор Каняка. Покрівельні роботи – Володимир Солина та Ростислав Сворень, а покриття куполів – Микола Дуркевич. Основні конструктивні роботи проводилися під керівництвом Романа Яриша та Івана Біловуса. Ці складні роботи їм допомагали виконувати винниківчани Юрій Литвин та Євген Білінський.

З нагоди посвячення храму, 4 січня 1998 р., у м. Винники завітав Високопреосвященний владика Юліян Ґбур (4 грудня 1942 р. — 24 березня 2011 р.) — Єпископ-помічник Львівської архієпархії. На богослужінні були присутні біля 500 мирян. Месійним празником у Винниках є 7 липня – День народження Івана Хрестителя. Цей празник завжди об’єднював усіх парафіян, тому громада вирішила дати саме таке ім’я новопосвяченому храму.

7 липня 1998 р. було освячено іконостас в храмі Івана Хрестителя. Іконостас виконано в оригінальному стилі на склі з різбленим орнаментом. Авторами іконостасу є відомий львіський художник Тарас Лозинський, художники-різьбярі Тарас Максимович, винниківчанин, випускник Академії мистецтв Михайло Бенях, столярі Олександр Гирило з батьком. Чин освячення нового іконостасу здійснив парох церкви св. Ольги і Єлизавети (Львів) митрофорний протоієрей о. Михайло Федорів. У літургії взяли участь священики з 13 парафій, отці костелу Успіння Пресвятої Богородиці (м. Винники), а також о. Петро Паньків та о. Михайло Дроздовський.

Отцем Романом Кравчиком (економ Львівської Архієпархії) нагороджено пам’ятною медаллю Митрополита Андрея Шептицького парафіян церкви.

22 травня 2013 р. розпорядженням голови Львівської обласної адміністрації зарегістровано релігійну громаду Української Греко-Католицької Церкви Різдва Івана Хрестителя (настоятель о. Орест Чекан, з 21 вересня 2003 р. — сотрудник парафії Воскресіння ГНІХ). З 1 вересня 2013 р. настоятель храму о. Володимир Клим'юк.

3 листопада 2013 р., з нагоди святкувань 15-річчя храму Різдва Святого Івана Хрестителя, Винники відвідав Преосвященний владика Венедикт, Єпископ-помічник Львівський.

9 листопада 2014 р. з пастирським візитом завітав до парафіяльної спільноти Високопреосвященний владика Ігор, Архиєпископ і Митрополит Львівський, де відправив святкову літургію та освятив наріжний камінь майбутнього храму Премудрості Божої – Софії.