До 1930 року Клепарів був селом, що межувало зі Львовом і місцеві римо-католики належали до парафії при костелі святої Анни в місті. Через велику віддаль до храму і значний ріст населення вже наприкінці XIX ст. існували плани будівництва на Клепарові власного костелу. 1899 року ґміна подарувала для цього земельну ділянку, а у 1904 це рішення затверджено повітовою владою. Того ж року за проектом невідомого архітектора збудовано мурований храм. Освячено 1908 року. Служби відправляли священики з парафії святої Анни. Від 1910 храмом опікувались отці реформати з костелу на вулиці Янівській (нині православна церква на вулиці Шевченка). Того ж року архієпископ Юзеф Більчевський виділив Клепарів у самостійну експозитуру, затверджену 1913 року. Під час Першої світової війни реквізовано 3 дзвони, а 1932 року куплено 2 нових. 1925 року утворено парафію. Розписи у дещо архаїчному класицизуючому стилі виконав 1934 року маловідомий живописець Владислав Лісікевич. Відомо, що у храмі було три вівтарі (головний і два бічних). Орган, виготовлений не раніше 1918, ремонтувався у 1932 і 1935 роках. Після утворення експозитури існували плани будівництва нового великого костелу. 1936 року на зустрічі парафіян було прийнято рішення будувати новий костел присвячений «вдячності до Королеви Корони Польщі за порятунок Львова від більшовицького наїзду 1920 року і повернення Львова у лоно Вітчизни». 1939 року Вітольд Равський розробив проект, який не було реалізовано через початок Другої світової війни (проект не зберігся). 1938 року опіку над храмом від реформатів перейняв о. Домінік Костял. 1946 священик виїхав, разом із тим вивіз багато церковного начиння, яке нині знаходиться в костелі святого Генрика у Вроцлаві та ймовірно в костелі святого Еразма і Панкратія у Єленій Ґурі. Храм перетворено на склад. 1992 року переданий Українській греко-католицькій церкві. До 1997 року завершено реконструкцію і 6 липня того ж року наново освячений як церква святого Івана Хрестителя. В інтер'єрі виконано нові розписи.