Парафія і храм до 1946 року належали до УГКЦ, у 1946—1990 роках — до РПЦ. У 1990 році громада села поділилася на греко-католиків і православних, які тепер належать до ПЦУ. Храм залишився за ними. На почергові відправи вони не погодилися, тому греко-католики вирішили збудувати власну церкву. На той час громада села УГКЦ нараховувала 30 родин.

4 квітня 1994 року відбулося освячення Місійного хреста, яке за душпастиря о. Зеновія Войтюка здійснив декан о. Роман Гриджук. 15 травня 1994 року було освячено наріжний камінь. Будівництво храму відбувалося за кошти парафіян села Малі Заліщики та сусідніх сіл, допомогами також і знайомі з-за кордону. 22 вересня 1996 року владика Тернопільської єпархії Михаїл Сабрига за участі отців деканату освятили збудовану церкву у присутности великої кількости мирян і представників инших парафій.

21 вересня 2009 року освячено збудовану дзвіницю, купіль Матері Божої, іконостас.

При парафії діє спільнота «Матері в молитві» і 6 груп «Нічної адорації в родинах».