Під час перебування УГКЦ в підпіллі храм с. Боратин був певний час закритий, а мешканці села відвідували богослужіння у селі Пониква, або слухали Богослужіння, які транслювало “Радіо Ватикан”.
Під час виходу з підпілля існував конфлікт, через який парохія була поділена на дві громади: ПЦ КП і УГКЦ. У часи незалежності України богослужіння здійснювали: о. Ярослав Царик, о. Іван Вихор, о. Петро Чаплю, о. Ігор Балук.
З грудня 1999 р. вірними опікується о. Мирон Боганюк. Парафіяльна спільнота займається будівництвом нової плебанії. Ведуться реставраційні роботи біля церкви. У 1999 р. святкування 100-річчя храму відбулось за участі правлячого архієрея Сокальсько-Жовківської єпархії владики Михаїла Колтуна.