Наприкінці ХVІІ – на початку ХVІІІ ст василіанський монастир Різдва Пресвятої Богородиці ліквідували, приєднавши до Лановецького монастиря, що знаходився неподалік, в місцевості Тулин, то дерев’яна монастирська церква Святого архангела Михаїла стала парафіяльною. На початку 20-х рр. ХVІІІ ст. ця церква згоріла. Новий мурований храм на честь Різдва Пресвятої Богородиці збудували в 1727 р.

За народними переказами, ще з давніх часів люди в недугах і смутках, в тілесних і духовних потребах з вірою і молитвами приходили під святий омофор Вовковецької ікони Пресвятої Богородиці та отримували зцілення. Митрополит Андрей (Шептицький), взявши до уваги висновки Духовної комісії, яка переслухала свідків численних чуд, встановив відпуст у Вовківцях на свято Різдва Пресвятої Богородиці, а вже у наш час владика Іриней (Білик) надав цьому відпусту єпархіального значення. Крім того, відпуст відбувається на свято Священномученика Йосафата, бо з початку ХІХ до се - редини ХХ ст. у парафіяльній церкві знаходилися мощі цього святого, та, на жаль, вони були втрачені.

Упродовж століть Вовківці були славним відпустовим місцем краю, сюди приходили, щоб поклонитися образу Пресвятої Богородиці, навіть прочани із Поділля, Буковини та Бессарабії. Однак в історії церкви Різдва Пресвятої Богородиці були періоди, коли храм використовувався не за призначенням. Зокрема, на початку ХХ ст. певний період у церкві була лікарня, а за радянських часів храм був закритий (люди потайки відмикали його і молилися). Слід додати, що біля церкви, на місці об’явлення Пресвятої Богородиці, є кам’яна криниця, яка існувала з початку ХХ ст. і була знищена у другій половині 50-х рр.

На території парафії є дзвіниця, прибудована до храму каплиця, яка належить до пам'яток архітектури, фігура Найсвятішого Серця Ісуса (1896), 14 дерев'яних хрестів сталій Хресної дороги, три великі дерев'яні хрести, два з яких — місінні, капличка Пресвятої Богородиці Неустанної Помочі та басейн з фігурою ангела для освячення води, капличка Божої Матері.

У 2014 році Святу Літургію на відпуст очолив правлячий архиєрей Бучацької єпархії Димитрій Григорак. Відпуст у Вовківцях затверджено, як єпархіялький. Окрім відпусту, на парафії проводиться храмовий празник на Різдво Богородиці (21 вересня) і відпуст священномученика Йосафата (25 листопада).

При парафії діють: недільна школа, братство «Апостольство молитви», Параманне братство. Вівтарна дружина.

Парохи:

• о. Семенович,
• о. Мазурак,
• о. Антонович,
• о. Роман Бондарук,
• о. Воробкевич,
• о. Іван Сеймов (1990—1991),
• о. М. Жук (1991—1993),
• о. Ігор Рокочий (1993—2001),
• о. Микола Довжук (2001),
• о. Микола Бугера (2001—2009),
• о. Володимир Капуста (адміністратор з березня 2009 року і донині).