Засновниками монастиря були Іоан Фелікс (Щасний) Гербурт та його дружина Єлизавета, які в 1613 році надали ченцям фундаційну грамоту. Перші монахи тут з"явились за рік до цього, коли були змушені покинути попередню обитель у Львові під час татарського нападу. Так вони і забрели в ліси під Добромилем, а вже за рік отримали право на будівництво монастиря. Спочатку звели невеличку миколаївську церкву, яка простояла до 1818 року, і була розібрана після того як завалилась.
В 1705 році розпочалось будівництво церкви св. Онуфрія, яке тривало до 1723 року, а за зразок використовувався монастирський храм в Лаврові. В 1731 році поруч з церквою побудували двоповерховий монастирський корпус, а в 1751 році завершилось будівництво дзвіниці.
Коли в 1905 році василіани покинули Добромиль, то храм і інші монастирські будівлі почали занепадати, отримавши найбільші руйнування під час Першої світової війни. В 1920 році ченці повернулись в монастир, а до 1928 року повністю відновили його. В 1946 році радянська влада монастир закрила, а з 1950 року тут діяв жіночий психоневрологічний інтернат. У 1992 році монастир повернули ченцям, а в 2000 році почались реставраційні роботи.