Греко-католицька Церква не являється в Естонії автохонною, проте є історичні дані про існування греко-католицьких громад в Естонському краї з ХVІІ ст.

Талліннська парохія Української греко-католицької Церкви Естонії була заснована з благословення Києво-Галицького митрополита Володимира Стернюка в 1991 році.

З 1994 року парохія орендує, а в 1998 році викуповує в Естонської лютеранської Церкви каплицю з прилеглою територією, що знаходиться в старому місті. Внаслідок проведеної реновації каплиця була пристосована під приміщення церкви. В кінці 1997 року церкву підпалили. За фактом навмисного підпалу було порушено кримінальну справу № 98040397.

В жовтні 2000 року Талліннська парохія УГКЦ була освячена на честь Божої Матері Троєручиці - заступниці всіх невинно скривджених. Освячення здійснив Його Преосвященство архиєпископ Любомир Гузар - владика УГКЦ. В рамках заходів по освяченню ТП УГКЦ була проведена наукова історико-теологічна конференція «Українська греко-католицька Церква: історія і сьогодення».

Цікавим і своєрідним є архітектурне вирішення приміщення церкви, супутніх споруд і подвір'я. Заслуговує на увагу також інтер'єр храму з оригінальними інженерними рішеннями, а також іконостас роботи львівського художника Петра Гуменюка.

Церква Талліннської парохії УГКЦ виконує не лише свою пряму функцію культової споруди, вона перетворилася в національний духовно-культурний осередок української діаспори в Естонії.