Перший храм на цьому місці було збудовано коштом запорозького гетьмана Самійла Кішки, в пам’ять про своє визволення з турецького полону. При храмі було влаштовано шпиталь для літніх та знедолених людей.

В 1651 році церква згоріла, однак 1662 року була відновлена.

1716 року на місці дерев’яного храму Миколи Доброго було збудовано мурований храм з дзвіницею. Мурований храм швидко занепав і 1799 року був розібраний. Натомість 1807 року за проектом архітектора Андрія Меленського було зведено нову кам’яну церкву, що постраждала під час пожежі 1811 року, однак була реставрована.

У середині 1930-х років храм було знищено і незабаром на цьому місці зведено будівлю школи (нині ліцей «Поділ» № 100). Однак дзвіниця, зведена 1716 року, дивом збереглася.

Церква мала прямий стосунок до життя Михайла Булгакова — 1913 року він вінчався тут із першою дружиною Тетяною Лаппа (вінчав їх священик Олександр Глаголєв, згодом виведений в образі о. Олексія у романі «Біла гвардія»), а 1922 року тут відспівували матір письменника Варвару Булгакову.