Падіння СРСР та проголошення Україною незалежності принесли зміни не лише у суспільно-політичний устрій держави, але також внесли корективи у релігійне життя міста. Українська Греко-Католицька Церква, історична на цій території, добивалася легального статусу. У 1946 р. актом насильної ліквідації з боку СРСР вона була загнана на нелегальне становище більше як на 40 років – період, що знайшов відображення в історії УГКЦ у терміні «підпілля». Майно УГКЦ було повністю відібране радянським режимом та частково передана лояльній до комуністів державній православній Церкві. Крах комунізму активізував намагання підпільної церковної структури легалізуватися. 23 квітня 1991 р. Верховна Рада УРСР прийняла Закон «Про свободу совісті та релігійні організації», що фактично скасовував дискримінаційний устрій щодо представників більшості віросповідань. Ще раніше відбулися перші масові публічні Богослужіння УГКЦ в Тернополі. У місті три храми, що до 1946 р. належали греко-католикам, були закриті радянською владою або взагалі зруйновані: Церква Різдва Христового («Середня») була передана Російській Православній Церкві; Церква Воздвиження Чесного Хреста («Надставна») була зачиненою та не використовувалася; Церква Успення Пресвятої Богородиці («Монастирська») була підірвана 19 листопада 1962 р.

2 липня 1989 р. під дверима недіючого храму Воздвиження над Тернопільським ставом відбулася одна з перших публічних греко-католицьких Літургій, яку очолив редемпторист о. Михайло Хрипа, недільні богослужіння традиційно відбувалися у цей період на Микулинецькому кладовищі під відкритим небом. 15 жовтня в центрі міста майже 70 тисяч осіб зібрали підписи за легалізацію УГКЦ та передачу приміщення храму на вул. 1-го травня (нині вул. Сагайдачного) греко-католицькій громаді. Будівля храму на той час вже також була зайнята представниками Російської Православної Церкви – почаївськими монахами. Погіршення погодних умов та складність проведення Богослужінь під відкритим небом на Микулинецькому кладовищі спонукала до більш рішучих вимог. 4 грудня 1989 р. після Літургії на кладовищі (того дня був сильний мороз) громада прийшла під двері колишнього домініканського костелу. З того часу православні священики припинили богослужіння та закрили храм, щоб не дозволити греко-католикам увійти до нього. Від цього дня маніфестації з вимогою передачі храму під міською та обласною радами були щоденними. 21 грудня стало відомо про прийняття рішення про передачу храму греко-католицькій громаді. Близько 17-ї години, за вказівкою голови міської ради Анатолія Кучеренка, газозварники автогеном розрізали штаби дверей, щоб дозволити людям зайти у храм. 23 грудня о. Ігор Возняк (сьогодні Львівський митрополит) освятив храм та відслужив Літургію. Таким чином храм перейшов у користування УГКЦ.

Пам’ятним для громади було Різдво 1990 р., що відбулося вже у цій святині. Після його святкування, у лютому розпочалися відновлювальні роботи. 20 квітня 1991 р. храм відвідав Глава УГКЦ Мирослав Іван кардинал Любачівський, що повернувся до свого осідку у Львові з еміграції. 20 квітня 1993 р. було створено Тернопільську єпархію УГКЦ, яка входила до Львівської митрополії. Храм Непорочного Зачаття було піднесено до рангу катедрального Собору. 17 жовтня 1993 р. єпископа Михаїла Сабригу введено на престол новоствореної Тернопільської єпархії. Катедральний храм був не в змозі помістити усіх присутніх на інтронізації, тому богослужіння проводили на площі перед храмом, а вірні зайняли увесь Майдан Волі. У липні 2000 р. єпархію було реорганізовано у Тернопільсько-Зборівську. Після смерті Владики Михаїла Сабриги (29 червня 2006 р.), на престол єпархії призначено єпископа Василія Семенюка, що до цього часу виконував уряд єпископа-помічника. 22 грудня 2011 р. єпархію піднесено до рангу архиєпархії та створено Тернопільсько-Зборівську митрополію. Новостворену митрополію очолив архиєпископ Василій Семенюк, що був уведений у сан митрополита. Нове утворення складається з трьох одиниць: Тернопільсько-Зборівської архиєпархії, Бучацької єпархії та Кам’янець-Подільської єпархії, проголошеної 7 лютого 2016 р. Катедральний храм Непорочного Зачаття Пресвятої Богородиці піднесено до статусу архикатедри. 22 травня 2015 р. до допомоги митрополиту Василію призначено єпископа-помічника Теодора Мартинюка.

Архикатедральний Собор Непорочного Зачаття у Тернополі є матір’ю усіх церков митрополії. Станом на 1 січня 2017 р. релігійна мережа Тернопільської обл. налічує 1827 релігійних організацій (у тому числі 1755 релігійних громад) двадцяти чотирьох конфесій. Найчисельніша з них – Українська Греко-Католицька Церква, що складається з 832 релігійних громад. Кам’янець-Подільська єпархія, яка входить до митрополії та охоплює греко-католиків на території Хмельницької області складається з 75 релігійних громад.

Внаслідок руйнувань та реставрації в радянський період повністю втратився початковий настінний розпис С. Строїнського. Тому постало закономірне питання його відновлення. Перший крок у цьому напрямку зробив о. Ігор Возняк, уклавши контракт з художником Георгієм Журавським, згідно якого розпис він мав здійснити за три роки.

У листопаді 1993 р. настоятелем храму призначено о. м. Андрія Говеру. На цей період вже було розпочато розпис плафону центрального нефу. Художник за 10 років спромігся розписати лише плафон, що викликало обурення з боку громади м. Тернополя. На кінець Георгій Журавський визнав власну неспроможність виконати об’єм робіт, зазначених у контракті. Були запрошені інші тернопільські художники: Ігор Зілінко, Михайло Николайчук, Олександр Міщук, Богдан Рудий та Борис Рудий.

Протягом двох років було реалізовано стінопис на старозавітні теми та виконано навісні ікони, що зображали євангельські притчі. У бічних нефах розміщено копії чудотворних ікон Богородиці, що є шанованими на Тернопільщині: Зарваницької, Почаївської, Теребовлянської та Тернопільської. Усі вони виконані бережанським художником Ярославом Круком. Були також проведені численні реставраційні роботи по відновленню фасаду будівлі, годроізоляції фундаменту, як також і внутрішнє оздоблення храму.

У 2011 р. адміністратором Катедри став о. Андрій Романків. Впродовж свого служіння о. Андрій опікувався спорудженням каплиці для освячення води. Його стараннями у 2012 були виготовлені лавки у соборі, проект яких опирався на довоєнні фото інтер’єру.

У 2013 р. новим (і по сьогодні) адміністратором став о. Орест Павліський. Новий настоятель розпочав роботи з реставрації колишньої єзуїтської каплиці Скорботної Богородиці, що використовується як захристія. Тернопільський художник Ігор Зілінко виконав для цієї каплиці нову ікону новомучеників тернопільської землі, що оточують скорботну Богородицю з тілом Христа на руках. У 2016 р. проведено роботи з впорядкування підземелля храму, що збереглися частково. 22 квітня 2018 року у підземеллі було освячено Музей “Крипта Архикатедрального Собору”

Наступним етапом із реставрації храму заплановано відновлення покриття куполу, шоломів веж та дахів храму. Крім цього, дахам собору буде повернуто оригінальні форми довоєнного періоду. У цьому проекті передбачено доступ відвідувачів до окремих локацій собору та облаштування оглядового майданчика на маківці купола, що має зробити храм туристично привабливим для жителів та гостей міста Тернополя.

Детальніше про історію храму можна прочитати в таких джерелах:

1. отець-митрат Андрій Іван Говера. Катедра. - Тернопіль: Джура, 2009. - 384 с. (ISBN 978-966-185-031-5);

2. о. Віталій Козак. Архикатедральний собор у Тернополі. Науково-популярне видання. - Тернопіль: Джура, 2017. - 120 с. (ISBN 978-966-185-144-2)